Jonathan réussi à survivre à la seconde pluie de météorites avec des blessures mineures, mais Martha est plus sérieusement blessée. Lois arrive pour aider Jonathan à chercher Martha puis à l'emmener à l'hôpital. Quand Martha et Jonathan rentrent à la ferme, Clark leur annonce que Jor-El lui a enlever ses pouvoirs. Jonathan et Martha sont choqués, mais Clark affirme qu'il est heureux de vivre comme ça.
Peu de temps après, Jonathan, Martha et Lana sont pris en otage par trois fugitifs métahumains qui forcent Clark à infiltrer une installation de LuthorCorp pour voler un sérum à laquelle ils sont devenus dépendants. Avec l'aide de Chloé, Clark réussi à sauver la journée sans ses pouvoirs.
Quand Jonathan et Martha découvrent que Clark et Lana ont commencés une relation sexuelle, il donne une leçon à Clark sur la responsabilité. Cependant, le sujet est oublié quand, le jour même, Clark est abattu par Gabriel Duncan. Clark est mort à l'hôpital, mais est ressuscité par Jor-El qui est en Lionel. Avec ses pouvoirs restauré, Clark sauve toute la ville, et Jonathan lui dit qu'il est très fier. Jonathan lui demandé si Jor-El ne souhaite rien en retour, mais Clark nie. Jonathan semble sceptique, mais il est, sans aucun doute, si heureux de revoir Clark qu'il n'insiste pas sur la question.
Le plus vieil ami de Jonathan, le Sénateur du Kansas, Jack Jennings, lui rend visite à la ferme pour demander à Jonathan d'avoir sun soutien pour sa campagne. Toutefois, il est rapidement révélé que Jennings a eu une liaison avec une strip-teaseuse, Mélissa Paige, qui est décédée. Jennings maintient qu'il n'a rien à voir avec sa mort, mais admet. Jonathan lui reproche d'avoir manqué à son devoir d'être un modèle de rôle moral, et Jennings décide que le scandale est trop préjudiciable à sa campagne et choisi d'abandonner pour travailler sur ses problèmes personnels. Il suggère que Jonathan le succède. Jonathan est sceptique au début, et Martha s'oppose parce qu'elle a peur qu'il mette une attention non désirée à leur famille, mais Clark ne veut pas être la cause de la réticence de Jonathan.
Tout en décidant de se présenter, Jonathan est approché de Lionel, qui lui offre un soutien financier contre Lex, affirmant qu'il est dangereux pour Lex de gagner sa première incursion dans la politique. Cependant, Clark oest infecté par la Kryptonite argentée et a une hallucination sur Jonathan qui a l'intention de le livrer comme un sujet de test en échange de l'argent de Lionel. De rage, il agresse son père et sa mère avant qu'il soit maîtrisé par Chloé. Jonathan et Martha apprennent que Chloé connait le secret de Clark depuis un an. Lorsque Clark revient à la normale, il exhorte son père de prendre sa décision sur ce qu'il pense être le mieux et de ne pas laisser la peur de son secret d'être exposé et ruiner la vie de leur famille.
Il semblerait que l'échange fait par Jor-El soit révélé quand Martha contracte une maladie Kryptonienne étrange. Clark admet que Jor-El a prédit que sa force de vie pourrait être échangé contre l'un de ses proches. Inquiet de la détérioration de l'état de Martha, Jonathan est en colère que Clark ne lui en a pas dit un mot et lui demande de réglé la situation. Cependant, la maladie est causée par le professeur Milton Fine, et Clark le vainc, et Martha est guérie. Jonathan s'approche de Clark, après cette épreuve, et dans des tons plus doux, lui conseille de ne pas s'attarder sur l'alerte de Jor-El et de vivre la vie au maximum.
La campagne de Jonathan est en plein essor pendant l'hiver. Jonathan embauche Lois en tant que sa directrice de campagne, et elle et Martha gèrent ses finances. Cependant, Martha est approché de Lionel, qui de nouveau, propose son financement pour la campagne de Jonathan. Martha accepte son offre.
Plus tard, Quand Samantha Drake, une fan dérangé de Lex, commence à traquer Jonathan, elle et ses acolytes l'abatte et l'attache aux chevrons de la grange. Il n'est pas sérieusement blessé et Samantha concocte un nouveau plan pour forcer Lois à tirer sur Jonathan lors d'un discours. Cependant, Clark et Lois réussissent à arrêter Samantha, et Jonathan est sauvé. Il est révélé, cependant, que le stress de la campagne commence à affecter Jonathan, et il commence à avoir de nouveau des problèmes cardiaques. L'attaque renforcé la popularité de Jonathan.
Lorsqu'à une semaine des élections Jonathan découvre le surplus d'argent qu'ils ont, il blâme Lois, mais s'excuse quand Martha reconnait sa responsabilité. Jonathan décide d'hypothéquer une partie non négligeable de la ferme afin de rembourser Lionel.
Le 26 Janvier 2006, Jonathan vainc Lex à l'élection et remporte la course. Ils tiennent une soirée électorale au Talon en son honneur. Malheureusement, cette nuit, la prédiction de Jor-El devient réelle. Le soir de l'élection, Jonathan reçoit un appel téléphonique demandant une rencontre à la grange, et il quitte la fete pour répondre à l'appelant. Clark et Lana, engagés l'un à l'autre depuis quelques heures, Lana est tué dans un accident de voiture. Clark est dévastée, et Jonathan arrive et réconforte Clark. Clark supplie Jor-El pour inverser le temps pour qu'il puisse empêcher la mort de Lana.
Le temps inversé, Jonathan rencontre l'appelant : Lionel, qui lui demande un partenariat dans son mandat, et montré une photo de Clark émergent indemne d'une explosion. Jonathan réagi avec colère et déclaré que les Luthor ne ruinerons plus sa famille. Il bat Lionel avec colère, et lui dit de rester loin d'eux. Martha et Clark arrivent à la ferme et trouvent Jonathan échelonnement de la grange. Il s'effondre dans les bras de sa famille, et il meurt cette nuit-là. Clark avoue à Martha qu'il se reproche, mais elle essaye de lui donner l'assurance qu'il n'y avait rien qu'il puisse faire. La ville entière de Smallville assiste aux funérailles de Jonathan, y compris les Luthor.
L'au-delà[]
Quelque temps après la mort de Jonathan, Clark se fait injecté un sérum à base de Kryptonite qui lui donné la chance de revoir son père. Jonathan l'informe qu'il deviendra un symbole de la paix et de la justice sur la Terre, et que Lionel connait son secret. Il "poussé" Clark à la vie, promettant d'être toujours avec lui.
Le soir de son dix-neuvième anniversaire, Clark voit l'esprit de Jonathan sur sa pierre tombale, et est surpris et confus quand Jonathan lui demande de tuer Lionel. Jonathan apparait également à Martha, la pressant de convaincre Clark de tuer Lionel. Cependant, l'esprit de Jonathan se révèle être un double Brainiac, lorsque Lionel devient en transe, et Brainiac tente de manipuler Clark en l'éliminant. Avant ça, Clark découvre que Lionel a eu un entretien avec son père le soir de sa mort, et réussi presque à le tuer, mais Lionel lui dit hors de lui en faisant remarquer que Jonathan n'aurait jamais voulu que Clark prenne une vie.