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Jonathan est dans le coma depuis trois mois au centre médical de Smallville tandis que Clark est toujours porté disparu. Il est miraculeusement réveillé lorsque Clark reprogrammé en Kal-El, retrouve son apparence après que Martha ait utilisé la Kryptonite noire. Toutefois, les problèmes cardiaques de Jonathan continuent de s'amplifier, et on lui prescrit une variété de médicaments pour les combattre.

La question de football est une fois encore abordée, et provoque de nouveau des conflits entre Jonathan et Clark quand celui-ci rejoint l'équipe contre la volonté de Jonathan. Clark insist qu'il est beaucoup plus âgé et capable de contrôler ses pouvoirs, mais Jonathan pense encore qu'il peut blesser un autre joueur. Cependant, Clark reste sur ses positions et Jonathan lui permet de rester dans l'équipe.

Plus tard, Jonathan est sur le point de se faire percuté par un camion à Métropolis, mais sa vie est sauvée par Bart Allen, un jeune homme qui peut courir plus vite que Clark.

En arrivant à la prison où Lionel se trouve, Clark et le milliardaire changent involontairement leur corps, Jonathan ne semble pas s'apercevoir du comportement étrange de Clark (contrairement à Martha), mais il est blessé quand Lionel/Clark le jette à travers la cuisine.

Au cours de l'un des matchs de football, Clark est contrôlé par Mikhail Mxyzptlk et cause une blessure mineure à un jeune homme deux fois plus barraque. Jonathan dit à Clark de cesser de jouer, mais Clark est ferme dans sa conviction que la blessure n'est pas de sa faute. Il dit à Jonathan qu'il prend une décision consciente avant de réagir à chaque contact physique, et qu'il n'y avait aucun moyen de l'éviter, et que Jonathan ne peut pas comprendre. Jonathan est concédé, et Clark continué à jouer dans l'équipe de football. u Jonathan et Martha font partie de plusieurs victimes d'une toxine qui se trouve dans l'air et qui cause à plusieurs résidents de Smallville des hallucinations su leur pire crainte. Clark qui s'est également évanoui, se réveille et est en mesure d'aider Lex à créer un antidote et de l'enregistrer.

Peu de temps après, Clark se retrouve avec Alicia Baker, et Martha et Jonathan encore une fois disent à Clark qu'il désapprouvent leur relation. Cependant, sous l'influence de la Kryptonite rouge, Clark s'enfuit avec Alicia et se "marient" à Las Vegas. Bien que le mariage n'était pas légal, Jonathan est tellement en colère contre Clark pour son manque de jugement qu'il ne veut même pas lui faire face. Quand Alicia meurr, Jonathan et Martha sont inhabituellement béat et offrent à Clark des conseils utiles d'adaptation pour surmonter la douleur.

Quelques temps plus tard, Clark reçoit une bourse de football de l'Université de Métropolis. Cependant, quand il rencontre un joueur de football, Geoff Johns, qui admet ensuite qu'il a été forcé de commencer à utiliser ses pouvoirs au lycée en raison de la pression supplémentaire du football, Clark décide qu'il n'est pas en mesure de jouer au football en cachant ses pouvoirs et rejette sa bourse.

Jonathan est mordu au bras par un rottweiler, mais le sauve d'un autre chien, un golden retriever. Clark apprend que les deux chiens sont produits d'une expérience ratée de LuthorCorp, et Jonathan l'averti qu'il est préférable de les tuer. Clark plaide avec Jonathan pour lui faire garder le golden retriever. Jonathan cède, et Martha lui donne le nom de Shelby.

Jonathan et Martha sont les chaperons du bal du lycée, même si Clark ne veut pas s'y rendre. La présence de Jonathan se révèle inestimable quand l'esprit de Dawn Stiles possède Chloé. Dawn/Chloé pousse Jonathan dans les escaliers, mais il est réanimé par Clark. Quand l'esprit de Dawn possède Clark, Jonathan l'a force à sortir avec de la Kryptonite verte et restaure Clark.

Tandis que la cérémonie de la remise des diplômes approche, Clark révèle à ses parents qu'il a refusé sa bourse pour assister à l'Université de Smallville. Jonathan et Clark savent tous deux qu'il est incapable de gérer la ferme sans Clark, mais Jonathan exhorte Clark à prendre sa décision sur ce qu'il veut, et non sur ce qui est le mieux pour la ferme. Il dit à Clark qu'il a jamais pu aller à l'Université car son propre père avait besoin de lui et ne veut pas que Clark fasse comme lui. Cependant, Clark affiche un raisonnement de maturité et ses parents lui inculque, insistant sur le fait qu'il veut rester et aider à la ferme.

Le jour de la remise des diplômes, ils reçoivent une alerte à propos d'une autre pluie de météorites imminente, et Jonathan et Martha sont forcés d'évacuer. Clark révèle qu'il doit rester parce qu'il a négligé d'accomplir la tâche de Jor-El ( réunir les pierres de pouvoirs). Jonathan et Martha, à contrecœur, sont sur le point de partir sans lui, mais sont pris en otage par Jason Teague, qui menace de tuer Martha à moins que Jonathan lui dise où Clark a caché les pierresl de la connaissance. Cependant, Jonathan réussi à attaquer Jason par surprise, mais une météorite frappe la maison des Kent.

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