Durant la tempête, Jonathan quitte la cav contre les manifestations de Martha et poursuit Nixon pour l'empêcher d'exposer les pouvoirs de Clark. Cependant, ils sont pris au piège sous un bâtiment pendant presque une journée entière. Bien que pris au piège, Jonathan reçoit de vives critiques de Nixon, qui dit que Clark est une merveille du monde, et non son valet de ferme. Jonathan reste sur ses positions, soutenant que Clark n'est que le fils qu'il a élevé. Quand ils sont sauvés par Clark, Nixon, avec l'aide de la Kryptonite verte essaye de l'enlever, et Jonathan arrive et se bat brutalement avec Nixon. Toutefois, la question elle-même se résolue quand Nixon est abattu par Lex lorsque Nixon est sur le point de donner un coup fatal à Jonathan.
Lorsque Clark développe soudainement le pouvoir de la vision thermique, Jonathan le rassure qu'il n'est pas un danger pour autrui en l'aidant à apprendre à le contrôler. Il est également influencé par les phéromones de Désirée Atkins et est est sur le point de tuer Lex, mais Clark réussi à l'arrêter.
Quelques temps après, Clark défie ses parents en révélant son secret à Pete. Jonathan et Martha sont au début en colère, mais décident qu'ils peuvent faire confiance à Pete.
L'aide de Pete s'est révélée inestimable quand il doit aider les Kent à maîtriser Clark quand il devient instable et irresponsable sous l'influence de la météorite rouge.
Quand William Clark, le père de Martha vient leur rendre un visite, Clark demande à Jonathan d'expliquer pourquoi ils ne s'entendent pas, et Jonathan est contraint de révéler son passé avec William. En outre, lorsque Rachel Dunleavy vient à Smallville et prétend être la mère de Clark, Jonathan est contraint de révéler son rôle dans l'influence de gain de Lionel Luthor à Smallville.
Martha gagne l'opportunité d'être l'assistante personnelle de Lionel après qu'il soit devenu aveugle depuis son opération, et son travail cause des frictions dans sa relation avec Jonathan. Quand celui-ci se casse la jambe en essayant de réparer le tracteur, Martha se sent extrêmement coupable de ne pas être là pour les aider et propose de cesser de travailler. Jonathan lui avoue sa crainte que les Luthor viennent en premier, mais en sachant qu'elle apprécie vraiment son travail, il dit de ne pas le quitter si elle ne veut pas.
Cependant, quand elle et Lionel sont retenus en otages à LuthorCorp, Martha apprend que Lionel enquête sur Clark et décide de cesser de travailler pour lui. Étonnamment, Jonathan lui recommande plus tard, de rester, afin d'être proche de Lionel et de voir ce qu'il sait.
Quand Lionel se fait tirer dessus, Jonathan est accusé et est inculper car tout les habitants connaissent son dégoût pour les Luthor.
La méfiance que perçoit Jonathan envers Lex s'atténue lorsque Lex est expulsé du Manoir et cherche refuge chez les Kent. Jonathan lui donne des travaux agricoles pénibles et désagréables, mais Lex en tire son propre poids. Plus tard, il admet qu'il est surpris et heureux de l'éthique du travail de Lex, lui disant qu'il aurait fait un bon agriculteur. Jonathan et Lex se séparèrent en bons termes..
Jonathan vit une période difficile quand Martha et Clark sont infectés par les spores de météorites et devient gravement malade. La gravité de la situation est accentuée lorsque Jonathan apprend que Martha est enceinte. Déterminé à ne pas perdre sa famille, il fait irruption dans l'entrepôt de l'Agence de contrôle des maladies pour récupérer la clé afin d'activer le vaisseau pour guérirClark et Martha. Une fois la maladie partie, les Kent préparent leur nouvel arrivé avec espoir et enthousiasme.
Peu de temps après, Clark est contacter par le Dr. Virgil Swann et en apprend plus sur son héritage Kryptonien qu'auparavant. Jonathan soutient Clark quand il ouvre le vaisseau spatial pour la première fois, et lisent un message du père biologique ensemble. Clark commence à paniquer et se fâche quand il réalise que son père biologique lui prévoit une destinée qui est celle de conquérir la Terre, mais Jonathan assure qu'il n'est pas lié à un sort et peut choisir son propre destin.
Tandis qu'il se prépare à épouser Helen Bryce, Lex demande à Jonathan et Martha de s'asseoir à la table avec lui et Helen. Jonathan lui donne alors sa boussole étant une tradition familiale des Kent, et avec la boussole lui assure que le marié ne perdra pas son chemin quand il marchera dans l'allée et lui dit sincèrement qu'il se transforme en un bel homme.
Lorsque Clark rencontre Jor-El, son père Kryptonien pour la première fois, il est informé que le moment est venu pour lui d'accomplir sa destinée. Clark résiste et met au point un plan visant à détruire le vaisseau. Cependant, Jonathan et Martha sont sur le chemin du retour, et l'impulsion de l'explosion du vaisseau spatial leur cause un accident. Jonathan n'est pas blessé, mais Martha fait une fausse couche. Extrêmement coupable et bouleversé, Clark raconte à Jonathan que c'est lui qui a causé l'explosion. Face à la charge de sa douleur et de Martha, Jonathan ne blâme pas directement Clark pour la perte du bébé, mais il est eb colère et l'informe qu'il doit prendre en considération les conséquences de ses actes. Les mots de Jonathan affectes Clark, et avec une dose de Kryptonite rouge, il s'enfuit de la maison.