Bizarro veut tuer Clark et aussi prendre sa vie depuis qu'il a obtenu tous ses souvenirs et devient plus fort en absorbant la Kryptonite. Après lui avoir échappé, Clark aide Loïs et Chloé qui est inconsciente, à sortir des décombres de la rupture du barrage et les amènes à l'hôpital. Les médecins annoncent que Chloé est morte. Ne voulant pas y croire, Clark est en mesure d'écouter avec sa super-ouï du bruit provenant de Chloé qui appelle à l'aide et l'a sauve de la morgue. Avec Chloé et le Martian Manhunter, Clark vainc Bizarro avec un super-coup de point vers le Soleil vu que le soleil fait l'effet inverse sur Bizarro.
Toujours affecté par la mort de Lana, Clark dit à Loïs qu'il décide de quitter Smallville pour commencer sa formation kryptonienne après ses funérailles. Cependant, après avoir trouvé sa cousine Kryptonienne, Kara, qui est resté dix-huit ans coincé au barrage Reeves, décide de retarder ses projets et l'aider à s'adapter à la vie sur Terre. Il laisse Kara vivre à la Ferme, mais quand il est demande à Jor-El des informations sur sa cousine, Jor-El lui répond que Kara peut avoir un programme caché et il commence sa formation par veiller sur elle.
Clark tente d'aider Kara à contrôler tous ses pouvoirs afin qu'ils puissent passer inaperçus comme il a fait durant toute sa vie, mais Kara se révèle être rebelle et lui dit qu'elle peut apprendre elle-même. Lorsqu'elle sauve deux reines de beauté métahumaines, Clark comprend qu'elle doit être l'art de vivre sur la Terre. Plus tard, Clark est choqué quand Lana lui revient et lui explique qu'elle a truqué sa mort pour sortir de son mariage avec Lex. Clark lui offre un refuge, et ils ravivent leur relation.
Martian Manhunter annonce à Clark que Kara et sa famille étaient des ennemis de son père Jor-El et lui dit de ne pas avoir confiance en Kara et de localiser son cristal avant qu'elle ne puisse le trouver. Kara se met en colère contre son cousin voyant qu'il n'a pas confiance en elle et disparaît pendant des semaines. Lors se recherche pour le cristal, Clark apprend que Chloé a décidé de se soumettre à une cure radicale de son infection aux météorites et l'a sauve après avoir appris que le médecin en cause, tue ses patients.
Clark sauve la vie de la célèbre actrice Rachel Davenport, mais est forcé de considérer que son destin peut être plus important que la vie à la Ferme avec Lana. Cette dernière affirme qu'elle ne veut pas le retenir, mais Clark lui assure qu'il a tout ce qu'il souhaite avec elle.
Clark localise Kara et l'a sauve de l'agent Carter, qui lui donne un traitement destiné à rappeler ses souvenirs de Krypton. Clark apprend qu'avant sa naissance, sa mère Lara a visité la Ferme. Il trouve grâce à Kara une photo d'elle, et également trouve le cristal de Kara et le cache dans la grange. Grâce aux souvenirs de Kara, il apprend que l'A.D.N. de sa mère est enfermée dans le cristal et partage cette information avec Lana.
Clark et Lana organisent un après-midi romantique, mais ils sont frappés par la foudre et ses pouvoirs sont partiellement transférée à Lana. Elle est surprise et excitée par ses possibilités infinies, mais par la suite, Clark veut restaurer la normalité à Lana dès que possible. Après que Lana utilise les pouvoirs pour faire du mal à Loïs, Clark est forcé de se rendre compte qu'elle n'est pas la même personne qu'elle prétend être. Il découvre le secret de Lana et la trouve entrain d'agressé Lex et inverse le transfert. Clark avoue qu'il se sent coupable de son changement en raison du résultat de ne lui avoir jamais fait confiance.
Clark commence à entendre une voix sortant du cristal de Kara. se révèle que c'est sa mère biologique qui lui dit de se rendre à la Forteresse, où Lara et son oncle Zor-El apparaissent. Lara donne à Clark l'anneau de Victoire de son père contenant de la Kryptonite bleue, ce qui par inadvertance il l'utilise et se retrouve privé de ses pouvoirs. Par la suite, Zor-El enlève Lara et annonce ses plans pour dominer la Terre. Clark affronte Zor-El et Lara impuissante lui explique que Zor-El ne sera arrêté s'il détruit le cristal de Kara. Après que Kara ait disparu de nouveau, Clark demande à Jor-El le sort de sa cousine, mais son père l'emprisonne.
Après que Jor-El ait emprisonné Clark dans un cristal pendant plus d'un mois, Bizarro revient et tente de reprendre la vie de Clark et séduit Lana qui tombe dans le piège croyant que c'est Clark. Lorsque Bizarro va à la Forteresse à la recherche d'un bouclier Kryptonien, Jor-El libère Clark afin qu'il puisse avoir des chances de vaincre Bizarro. Clark est en mesure de trouver le propriétaire du bouclier, Dax-Ur, qui lui donne de la Kryptonite bleue et Clark vainc une fois de plus Bizarro.
Clark réalise que Lana attend de lui quelque chose qu'il n'est pas, ce qui provoque une déchirure dans leur relation. Toutefois, après avoir vu l'expérience d'Oliver et Loïs après que celle-ci ait appris son secret, Clark dit à Lana qu'il veut essayer de corriger leur relation.
Quand Clark et Chloé apprennent que Lex s'est fait tirer dessus juste après avoir localisé Kara, Clark se porte volontaire pour utiliser une procédure d'interrogation expérimentale pour entrer dans le cerveau de Lex et trouver l'emplacement de sa cousine. Au cours de son voyage à travers l'esprit de Lex, Clark en apprend un peu plus sur son ancien ami et à l'idée que le bon côté de Lex pourrait revenir.
Lorsque Kara revient à Smallville sans sa mémoire, Clark croit qu'elle devrait connaître la vérité, mais Lionel et Lana ne sont pas de son avis. Cependant, après que Pete informe Clark que Lionel lui a menti au sujet du bracelet de Kara, il commence à se demander si Lionel est vraiment un allié.
Clark cache le bracelet de Kara dans la grange et a l'intention d'aller à la Forteresse pour demander à Jor-El de la guérir, mais lorsqu'il revient, il est attaqué par une équipe d'hommes utilisant des pistolets faits avec des filaments de Kryptonite et est emmené à une installation pour être emprisonné dans une cage fabriquée de kryptonite. Clark est sauvé par Kara avec l'aide de Lana et Chloé, puis il se révèle que c'est Lionel qui a créé la cage et orchestré l'enlèvement de Clark afin le protégé de Patricia Swann. Patricia se présente comme la fille de Virgil Swann et lui donne le journal de son père, qui contient toutes les informations acquises sur une prophétie d'un voyageur.
Lorsque Brainiac refait surface et essaye d'obliger Kara de partir avec lui, elle suggère à Clark d'apprendre à voler afin qu'ils puissent faire face à Brainiac, mais Clark ne cherche pas vraiment à apprendre, convaincu qu'il n'a pas la capacité pour le moment. Après avoir confronté Lionel au sujet de son rôle dans la société Veritas, Clark découvre que Lana a été attaqué par Brainiac, qui a utilisé ses pouvoirs pour livrer un message aux cousins. Contre l'avis de Clark, Kara part avec Brainiac pour sauver Lana, mais Lana reste dans un état catatonique et Clark devient dévasté par la culpabilité et la douleur.
Clark passe la plupart de son temps libre au pied du lit d'hôpital de Lana et Chloé s'enrôle pour l'aider à retrouver Kara et Brainiac. Après avoir appris que Lionel s'est «suicidé», Clark et Chloé commencent à soupçonner que Lex pourrait être le responsable de sa mort. Lorsque Clark trouve un message pour lui laissé par Lionel, il explique qu'il doit récupérer les clés de Veritas pour arrêter celui qui pourrait le contrôler, Clark confirme ses soupçons au sujet de Lex.
Clark place toutes ses priorités sur la guérison de Lana et à la recherche de Kara et Brainiac. Quand il se rend compte que les entrées du journal du Dr. Swann change, il se rend à la Forteresse où il entend la voix de Kara qui explique qu'elle est de retour dans le temps et plus précisément sur Krypton.
Après avoir appris que Brainiac remonte dans le temps afin de tuer le petit Kal-El, Clark tombe dans une dépression et décide que la Terre aurait été mieux s'il n'était jamais arrivé. Jor-El l'envoie ensuite dans une réalité alternative où il n'existe pas et voit que ses parents et amis sont heureux et en bonne santé, mais sans sa présence. Brainiac et Lex prennent la relève dans le monde, causant sa destruction. Ceci le motive assez pour remonter dans le temps et arrêter Brainiac et ramener Kara à la maison.
Pensant qu'il a vaincu Brainiac, Clark continue d'essayer de guérir Lana, mais elle continue à se détériorer. Ensuite, il suit la piste du dernier membre de Veritas, Edward Teague à Montréal. Toutefois, Teague capture Clark et veut effectuer un rituel Kryptonien pour sacrifier le Voyageur après avoir réalisé qu'il n'a pas fait ce qu'il aurait dû faire pour arrêter Lex. Teague sculpte le symbole de ses ancêtres sur sa poitrine et le laisse mourir, mais Chloé arrive peu après et le sauve. Puis, Clark se rend compte que finalement, il est forcé de prendre une décision contradictoires entre sauver le monde ou tuer Lex.
Loïs suggère que Clark ne s'applique pas aux travaux du Daily Planet, mais il lui déclare qu'il n'a pas l'intention de travailler pour Lex. Soupçonnant que Kara ait tué Edward Teague, lui et Chloé décident d'affronter Kara sur son étrange comportement récent et découvrent que «Kara» est en fait Brainiac. Il attaque Chloé et éclaire Lex qu'il connaît le Voyageur. Clark affronte Brainiac et le tue, libérant Lana et Chloé de leur état catatonique. Après que Lana se soit complètement récupéré, elle quitte l'hôpital et part. L'infirmière remet à Clark un DVD dans lequel Lana met fin à leur relation.
Ayant un cœur brisé, Clark apprend part Jimmy que Lex voyage dans l'Arctique et réalise que Lex connait son secret. Clark le rejoint à la Forteresse pour faire face à son ancien ami, qui tient un orbe qui le commande. Clark essayé de plaider Lex, mais Lex, se convainc que c'est son destin de vaincre le Voyageur. Lorsque Lex essaye d'activer l'orbe, la Forteresse commence à s'effondrer sur eux.