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In der ersten Episode findet der Zweikampf zwischen Clark und Bizarro seinen vorläufigen Höhepunkt, als der Martian Manhunter Clark den entscheiden Hinweis gibt, dass das Sonnenlicht Bizarros Schwäche ist. Zu einem späteren Zeitpunkt kommt es dann zu einem Wiedersehen mit Bizarro: Er übernimmt kurzfristig Clarks Leben und bekommt Hilfe vom totgeglaubten Milton Fine (Brainiac). Dieser erzählt ihm von einem Kryptonier der über eine Technologie verfügen soll, die verhindern könnte, dass sein Gesicht beim Blick in die Sonne versteinert. Clark kann den Wissenenschaftler vorher ausmachen und dieser übergibt ihm blaues Kryptonit, mit dem Bizarro endgültig vernichtet wird.
Chloe Sullivan verstirbt indes im Krankenhaus. Als sie kurz darauf zu den Lebenden zurückkehrt, muss sie erkennen, dass sie ebenfalls zu den „Meteoriten-Freaks“ gehört: Sie verfügt über die Fähigkeit, das Leiden anderer zu absorbieren und sich danach selbst zu regenerieren. Sie weiht Clark in ihr Geheimnis ein.
Durch den Dammbruch wurde auch das Raumschiff von Clarks Cousine Kara freigelegt. Trotz Jor-Els eindringlichen Warnung nimmt Clark seine Cousine auf seiner Farm auf. Es stellt sich heraus, dass sie zum einen erhebliche Probleme hat, ihre Fähigkeiten unter Kontrolle zu halten, und zum anderen, dass sie auf der Suche nach einem kryptonischen Kristall ist, auf dem die DNS von Clarks biologischer Mutter Lara gespeichert sein soll. Tatsächlich besitzt Clark den Kristall und er geht damit zur Festung der Einsamkeit, um Lara aus den Kristall zu befreifen. Bei diesem Vorgang wird aber nicht nur Lara, sondern auch Clarks Onkel bzw. Karas Vater Zor-El befreit.
Unterdessen stellt sich heraus, dass Lanas Tod mithilfe eines Klons nur vorgetäuscht wurde. Sie taucht in Shanghai unter, da sie dort wichtige Unterlagen über Lex’ Geheimprojekte archiviert hat. Der wiederum spürt sie auf, bietet ihr aber eine sichere Rückkehr sowie eine millionenschwere Scheidungsabfindung an. Lana nutz die Abfindung um die „Isis“-Stiftung zu gründen − eine Organisation, die vordergründig caritativen Zwecken dient, tatsächlich aber zur Überwachung von Lex' Aktivitäten eingerichtet wurde. Clark und Lana finden endgültig zusammen und sie wird endlich in Clarks wahre Herkunft eingeweiht. Doch das Glück ist durch Lanas zunehmende, auf Lex gerichtete Rache-Obsession getrübt: Um Geheimnisse über ihn zu erfahren lässt sie sogar Lionel Luthor entführen. Inzwischen hat Lex Luthor den Daily Planet erworben und Grant Gabriel wird neuer Zeitungschef. Dieser beginnt eine Affäre mit Lois Lane. Später stellt sich heraus, dass er ein Klon von Lex' verstorbenen Bruder ist. Als Grant sich gegenüber Lionel Luthor als dessen Sohn zu erkennen gibt, lässt Lex ihn ermorden. Lois Lane kommt später mit Oliver Queen (Green Arrow) zusammen. Dabei treffen sie erstmals auf Black Canary.
Die zweite Staffelhälfte handelt im Wesentlichen von der Vereinigung „Veritas“, welche aus Lionel Luthor, den Queens, den Swanns und den Teagues bestand. Diese hatten es sich zur Aufgabe gemacht den Reisenden (Clark) zu beschützen. Sie befanden sich im Besitz eines Kristalls, mit dem sie in der Lage sein sollten dem Reisenden Befehle zu geben. Damit kein Missbrauch geschieht, wurde der Kristall jedoch versteckt. Auch Lex interessiert sich für „Veritas“ und gerät deshalb in so heftigem Streit mit Lionel, dass dieser von Lex aus dem 40. Stock zu Tode gestürzt wird. Brainiac, der zwischenzeitlich Kara in die Phantomzone verbannt und Lana und Chloe ins Koma versetzt hat, unterstützt Lex in Karas Gestalt bei der Suche nach dem Kristall. Clark kann Brainiac besiegen, worauf Chloe und Lana wieder erwachen. Anschließend verabschiedet sich Lana in einer Videobotschaft von Clark und Chloe wird verhaftet, da sie einen Regierungsserver gehackt hatte. In der Festung der Einsamkeit kommt es zwischen Clark und Lex, der nun im Besitz des Kristalls ist, zum finalen Showdown. Der Kristall bewirkt jedoch, dass die Festung einstürzt und beide unter sich begräbt.